Se ubica en la ecorregión de la Selva Alta y abarca 863,277 ha, donde se conserva la biodiversidad de la Cordillera del Cóndor, así como las cuencas de los ríos Santiago, Comaina y Cenepa. 
El clima es templado y la temperatura promedio es de 20º C.
Santiago-Comaina posee 3 zonas de vida y 5 tipos bosques en los que se han identificado 22 especies de árboles donde destacan la capirona, machimango, moena, tornillo, ungurahui, huasaí y el aguaje, que conviven junto a orquídeas y bromelias.
En este lugar viven mamíferos como el ronsoco, sajino, añuje, armadillo y venado colorado; monos José Álvarez-Alonso
Taricaya (Podocnemis unifiis) como el leoncito, frailecillo y choro; felinos como jaguar, yahuarundi y tigrillo; aves como loros, perdices, picaflores, paujil; reptiles como lagartos, cascabel, shushupe, taricaya, motelo; peces como la lisa, sábalo, gamitana, paco, zúngaro, dorado; y 474 especies de mariposas.
En Santiago - Comaina habitan grupos indígenas Aguarunas y Huambizas, quienes aprovechan los recursos naturales desde tiempos inmemoriales, sin alterar el equilibrio ecológico.
En la Z.R. Santiago - Comaina se han encontrado especies de flora y fauna nuevas para la ciencia, por lo que se piensa que es una de las áreas más diversas del país... ¡ Ayudemos a conservarla !
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