Creada en marzo de 1999, es una de las zonas más investigadas del país. Se ubica en Maynas, departamento de Loreto, en la ecorregión de la Selva Baja. Su clima es tropical lluvioso con altas precipitaciones de hasta 3,000 mm y una temperatura media de 26º C.
Abarca 57,667.43 ha, en las que se desarrollan biotopos únicos como son los bosques de varillal y chamizal, que crecen sobre arenas blancas cuarzíticas de origen muy antiguo, con severas limitaciones para fines agropecuarios y forestales.
También encontramos bosques inundables de aguas negras provenientes del río Nanay, conocidos localmente como tahuampas. Mikko Pyhälä
Uso de hojas de palmera para vivienda Los bosques de la R.N. Allpahuayo - Mishana contienen alto endemismo de especies, los cuales, sin embargo, están muy presionados por la deforestación.
Entre las plantas de los varillales y chamizales destacan: chuchuhuasi, sacha coconilla, sacha piña, romerillo de varillal, leche caspi, caimitillo, helecho, sacha granadilla, boa caspi, porotillo, sacha café, sacha papa, sacha zapallo, aceite caspi, aguaje de varillal, huasaí y el achiote, que posee diversas propiedades medicinales, alimenticias y tintóreas.
En el bosque inundable abundan árboles de machimango, mas no así la vegetación herbácea o arbustiva que crece en los varillales y chamizales.
La fauna del lugar es riquísima: hay 73 especies de anfibios; 127 de peces; 477 de aves como patos, guacamayos, loros, perdices y paujiles. 
También hay 96 especies de mamíferos como el manatí, lobo de río, sachavaca, armadillo, sajino, venado, majaz, oso hormiguero, murciélagos y una gran diversidad de primates como el maquisapa, choro, ardilla, huapo, tocón, machín y otros. En el lugar también habitan 113 especies de reptiles como la charapa, taricaya, motelo, el caimán negro, lagarto blanco, lagarto de frente lisa y varias especies más.
La Reserva Nacional Allpahuayo - Mishana es importante para las poblaciones locales por la biodiversidad que encierra y por el agua que aporta el río Nanay... es un laboratorio viviente que debe ser conservado para la humanidad.
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